たまに書きます。

気になって調べたことを書いていきます。まずはAboutページをご覧ください。

DJに入門した話

DJ

実は3年くらい前から、DJに憧れていた。 きっかけは、知り合いのエンジニアの方が、いつぞやのプログラミング言語のカンファレンスの懇親会でDJをやっているのを見たから。その後、今の研究室に移ってからはなんとプロのDJがいて、ちょっと教えてもらうにも…

量子化学計算のプログラムを自作してみた

普段、量子化学の計算を行う際は、GaussianやGAMESS他のソフトが用いられることが殆どで、自分でコードを書くのは計算手法の研究をされている一部の方に限られるのではないかと思います。 近年では、B3LYP汎関数の使用を始めとする、密度汎関数理論(Density …

就職活動しました

タイトルの通りです。 無事就職活動を終え、来春からは新卒としてアカデミックを離れてインダストリーに行くことになりました。行き先は化学・素材系の企業です。 この間に実はいろいろなことを考えたりしていたので、忘れないためにもここに書いておこうと…

大学生のための、理化学研究所で研究するガイド

はじめに 私は今、博士課程の大学院生をしており、理化学研究所という研究機関で研究をしています。 高校生の頃から理研には憧れていて、いつかは理研で働きたいと考えていました。 一時期は不祥事などもありましたが、やはり素晴らしい研究環境であることに…

VASPで計算したバンド構造の可視化のためのスクリプト

固体のバンド構造計算をこれまでは主にQuantum Espressoというフリーのコードを使って行っていたのですが、最近になってvaspを時々利用するようになりました。 vaspでバンド構造を計算すると、EIGENVALというファイルが作成されて、そこに各k点での固有値が…

理論化学の本を紹介していく(電子軌道の概念)

量子化学の一番初めは、とりあえず波動関数とは何ぞや?を抑えることだとすると、その後で来るのは、今度は軌道の概念を知ることだと思っています。 私は軌道のことは、友田修司先生の本で勉強をしました。 基礎量子化学―軌道概念で化学を考える作者: 友田修…

化学屋から見たバンド理論 その2

今の時代、バンド計算も多くの場合、VASPやQuantum Espressoといった密度汎関数法による計算をすることになるかと思います。 バンド計算においては、必要なパラメータとして、 汎関数(大体はPBE汎関数が多い模様。必要に応じて、PBE0やHSE06のようなハイブ…

化学屋から見たバンド理論

化学系の学部・学科で理論計算を行う人は、gaussianやGAMESSといった量子化学計算プログラムを使って解析を行うケースが殆どだと思います。 しかし、シュレーディンガー方程式の解釈の仕方はそれだけではなくて、バンド理論というのも一つの見方です。 vasp…

理論化学の本を紹介していく(その1、超入門)

しばらく忙しくて全然書くことができなかった。 けれど何とか生きています。順調に理論化学の博士課程学生をやっています。 さて、相変わらず本は結構読んでいるのですが、最近若干の消化不良になっています。 せっかくなので、読んだ本のことを文章で記録す…

水道の蛇口を締めても水が止まらなくなったときのトラブルシューティング

ふだんは遅くとも9時くらいには研究室から家に帰ってくるのだけど、今日(昨日)はいろいろまとめてやっておきたかったことがあったのを処理しているうちに23時半を回ってしまった。 家に帰ってから、さっさと寝たいと思いながらシャワーを浴びていたのだけ…

スターバックスのファンでした(続編)

スターバックスの店舗情報のスクレイピングを行うプログラムを更新した。 昨年の今頃、Pythonで書き直したのだが、その直後にスターバックスジャパンのウェブサイトがリニューアルされて形式が変わってしまっていたため。今回も、Pythonのlxmlライブラリを使…

塩分について考える

突然だが、塩分について書いてみる。 自分は今年の2月に尿管結石になり、また、その少し前に母親が狭心症を煩ったこともあって、それ以来、塩分の量について気にするようになった。 (余談だが、しばらく放置していたこのブログなのだが毎日100-200程度のア…

C/C++からCythonを介してPythonの関数を呼び出す話

下で技術系以外のことも書いて行こうと主張した直後でまた技術系の話です。 Cythonについては、PythonからC/C++の関数を呼び出す為のツールで、これについては情報が至る所にあるのでそちらを参照して欲しい。 最近はオライリーから本も出たようだ。 Amazon.…

しばらく放置していたのだけど

この四月から博士課程の学生に身分がかわり、研究室も変更した。そういうこともあってか、ここのところ新しいことを勉強したりとか、とりあえず研究というよりも単なるインプットに偏りすぎていた感じがあるので、とりあえずこれからはアウトプットを少しで…

CMSimpleというものを使ってみた感想

世間ではContents Management System(以下、CMS)としてWordPressが圧倒的に流行っておりますが、それ以外のフレームワークのお話です。 最近は企業とか、大学の研究室のWebページでもよく使われていますね。 僕の所属している研究室でもWebページを作り直…

尿管結石事件のその後

先月の尿管結石で苦しんだ事件のその後のお話。 先日再診をしてもらい、とりあえず落ち着きましたねとのこと。 ただし、5年以内に再発する人が大体半数いるらしい。 もうできればなりたくないし、その為には生活習慣の改善が必要ということで、記録もかねて…

修士論文発表の一ヶ月前になって尿管結石と診断された話

2014年の年末くらいから時々左の脇腹に違和感があったり、痛いと感じることがあったのだけど、そのときは病院に行って整腸剤とか胃薬・痛み止めを処方してもらうのみで、それで治った(気がしていた)ので気にしていなかった。 そして、今年の成人の日になん…

スターバックスのファンでした

昔、スタバの店舗情報をスクレイピングするスクリプトを書いたのだけど、無線LANカラムを追加してほしいとかいう話があったり、前にRubyで書いてたスクリプトは全部正規表現でごり押ししててなんかそれだとコードの見通しが悪すぎたので、今回Pythonでスクレ…

Boostのremove_referenceについて調べた

アルバイトしてて最近はコードを読むたびに、使用されている(僕がこれまで見たことのない)Boostライブラリをつかった部分で引っかかることが多い。 これらをいちいち調べて簡単に自分で実験して・・・というのを繰り返しているので非常に時間がかかってい…

Vagrantの上のubuntuでサービスを起動する時

Ubuntuだと最近はupstartっていうイベント駆動型の仕組みを使ってデーモンなりサービスなりを起動するらしい。で、vagrant上の仮想ubuntuマシンでupstartのスクリプトを書いていたのだけど、実行用のスクリプトを /vagrant においていて、それをxxx.conf sta…

ブレークポイントの埋め込みについて

「デバッガの理論と実装」というすばらしい(らしい)本があって、絶版だし僕は持っていないから読んだことはないのだけど、デバッガの作りかたって結構興味がある。他のプロセスのメモリをいじったりすることは、普通にプログラミングしている分にはそうい…

魚の骨が喉に刺さった時のトラブルシューティングガイド

お昼に鯖(決してFreeBSDとかLinuxで稼働させたサーバーではない)を食べてて途中で喉に違和感がした。これは骨が刺さったのだろうとすぐに確信した。 おばあちゃんの教えとしてはご飯を噛まずに飲み込んで一緒に押しこめというのがあるらしいけれど、あれは…

OpenVPNを構築した

ふと思い立ってOpenVPNを家に構築した。その記録。 構成としては、FreeBSDでOpenVPNサーバをたてて、家の中にあるMac Mini Late2012にアクセスできるようにする。 Mac OS Xの共有機能って画面共有(いわゆる遠隔操作)、リモートログイン(SSH)、ファイル共…

MacでのWi-Fi周りの設定コマンドを調べたのでメモっとく

家の無線だと基本的には自動でつないでくれるから良いんだけど、外で無線つなぐときに使うWi-Fiネットワークを使用可能一覧から選ぶ事がよくあって、起動後にマウスカーソルを画面の右上に持って行って一覧から選んで・・・ってのが面倒くさいのでなんとかな…

Ctrl+(lとかJとかmとかhとか・・・)

この前1週間ほどコンピュータの事が好きだったりそれで研究している人たちと色々話をしているときに複数回話した事なんだけど、terminalとかxtermとかそういうUNIX端末みたいなのを弄ってるとわりと頻繁にCtrl+mで改行とかCtrl+hで一文字戻る(即ちdelete)…

Mac OS X Mountain LionにMatplotlibをインストールする

これが結構手こずった。 Homebrewを使ってインストールされている方は多いみたいだけど、もともと僕はbrewつかっていなくて、このためだけにインストールするのもなぁ。。。と思い、また、皆さんPythonそのものをbrewでインストールしていてそれもなんかなぁ…

HDF5フォーマットに関するメモ書き その2

前に「HDF5フォーマットに関するメモ書き」なるものを書いてからずいぶん間が開いてしまいましたが「その2」を書こうと思います。 どれだけやる気無かったんだよと言われそうだけど、きっとそんなに緊急の需要は無いだろうから良しということで。 もし誰か…

スマートポインタみたいなのをCでやってみる

かなり昔にBinary Hacksで読んだのだけど、久々に自分のgistを見返してみてそんなのあったなぁと思ったので、備忘録として書いておく。 常に、自分の引き出しと言うか武器は、適切と思ったらすぐに持ち出せる状況にしておきたいので。というわけで、gccのcle…

マンデルブロ集合を描いてみた。

別にまた特に意味はない記事です。 暫くC言語を書いてなくて、きちんと書けるかどうか不安だったので、リハビリもかねてマンデルブロ集合なるものを描画させてみました。他にも多くの方が同じようなことされているし、検索すれば丁寧で詳しい説明がホイホイ…

Hello Worldが書けない

別に何の意味も無い記事。 C言語のHello Worldがどうも動いてくれないのでとりあえず載っけてみる。問題のコード及びその逆アセンブルは以下。これを動かすとbus errorとかsegmentation faultになって実行されずに終わります。考察は今度するとして結論: 最…

約3年間勤めたアルバイトを辞めました。

表題の通りです。 大学2年の時(2010年5月11日)から勤めたアルバイトをつい先週辞めました。 最後の3ヶ月は実質的な勤務はほぼ0だったので、実際に働いたのは2年10ヶ月程度でした。Windows向けのミドルウェアを作る会社で、実際に自分がアルバイトとし…

移行

はてなダイアリーからブログへ移行してきました。 だからといって更新頻度が上がるとは思えませんがw

HDF5フォーマットに関するメモ書き

HDF5というファイルフォーマットがあります。 このたび、しばらくC++でHDF5のファイルを出力するというのをやっていたのですが、それで苦労したりしていたので、とりあえず超初歩的なところからいくつかポイントをまとめていきたいと思います。そもそもHDF5…

自分のマシンのCPUに実装されている機能を調べる

最近のCPUは非常に多くの種類の命令があって、僕はそのなかでも最近、SIMD命令と言うものに少々興味があります。SIMD命令というのは、ざっくり説明すると同じような計算をたくさんのデータに対して行うときに、128ビットまたは256ビットの少々大きなレジスタ…

Macで固定アドレスにプログラムをロードする

最近のトレンド?でもあるみたいですが、Macもそれに漏れず、OS X 10.5以降はプログラムのロード時に、「アドレス空間のランダム化(Address Space Layout Randomizationといいます。頭文字をとって以下はASLRと表記)」処理が行われています。 バイナリがASLR…

CythonでCのモジュールにnumpyオブジェクトを渡す

CythonはPythonのコードをCのコードに変換して(このフェーズをCythoningというみたい)、Pythonから呼び出せるライブラリを構築するツール。 Cythonが素晴らしいのは、Pythonコードを高速に実行できるようにするだけではなく、C言語で書かれたコードやライ…

メモ書き

Macのアセンブラ メモ https://developer.apple.com/library/mac/#documentation/developertools/Reference/Assembler/040-Assembler_Directives/asm_directives.html

Gistを貼ってみるテスト。

gistを貼ってみるテスト 普段、vimの表示設定は set tabstop=4 にしてるんですが、どうもGistではデフォルトの8バイト分の幅で表示されるみたいです。expandtabを有効にすべきなのかね。

スターバックスのファンです。

いつも行くスタバでは店員さんに注文するものや、持ってるタンブラーとかを把握されているくらいにはスターバックスによく行き、ファン(笑)なのですが、スターバックスの店舗検索ってどうも使いづらくて、この前、githubでスターバックスの店舗を列挙する…

Githubに登録しました。

超いまさらだけど、Githubに登録しました。普段何かソフトウェアと呼べるほどのものを書くことは殆ど無いけれど、ある程度まとまることがあればUPします。普段はgistしか使わなさそう。 https://github.com/YukiSakamoto

また旅行の話とか

2月の終わり〜3月。再度の北欧詣でをしてオーロラを鑑賞し、そのあとで2〜3週間くらいヨーロッパを放浪する旅行をしようかと考え中。来年4月からは数年間に及ぶ研究室での生活が始まるわけだし、それを考えると、最後に貯金を一気に使って、放浪してこ…

北欧旅行その2

一つ前に続いて、今日はストックホルムでの写真をうp ノーベル賞受賞式とかを行うストックホルム市庁舎。 ストックホルムは主に14の島からなるんだけど、その島同士をつなぐ橋から。多分これは中心〜ガムラスタン島。 旧市街、通称ガムラスタン。日本で普…

最近の読書から

最近は本を乱読中w ジャンルは幅広いけれど、まぁその中で知ったことを一つ。飛行機がタキシングしたり、テイクオフの時に整備士さんが一列に並んで手を振っている光景がよくあるけれど、あれはANAが始めたものらしい。始めたっていうか、沖縄の整備士さん…

夏休みももう終わりなわけで

多分誰も見ていないだろうけれど、自分へのメモとして。主に進路に関して思案するお話。とりあえず、博士課程まで大学に残りたいって思うんだけど、問題はどの専攻でそれをするか。節電の影響なんだかんだで2ヶ月半に及んだ長ーい、でも短い夏休みだった。…

もうすぐ夏休み。

試験中に限って、その後の事を考えたりしてエア充実してますw就活とかも一旦は考えましたが、やめました。っていうか先生と話をしてぐっと我慢しました。今年の夏休みは、バイトは普段のペースより少しだけ多めにとどめておいて、読書をしたいとおもってい…

マインスイーパ?

わけあって、マインスイーパ?のプログラム書いてみた。コア部分のみだけど。初めはRubyで書いて、C++で書きなおし、間違いに気づいたため、もう一度C++で書きなおした。にしても相変わらずC++は苦手だ 最後の版のソースを載せてみる。たまにはアウトプット…

こんなん知らんかったで

一ヶ月以上前の記事だけど、前回のシステムコールするとかいう記事。あれで大嘘を書いていたことに気付いた。引数を4つpushしないとシステムコールできないと書いていたけど、実は全然関係ないことが分かった。 では、何が必要かというと、関数呼び出しの時…

Macでシステムコール

Macでアセンブラから直接システムコールを呼ぼうとしたらなかなかうまくいかない件の覚書。Linuxの場合・・・Linuxでシステムコールしようとすると、まずレジスタを全部クリアしたあと、呼びたいシステムコールの番号(とかに#defineされてるはず)をeaxにわ…

カレントディレクトリ以下の全てのディレクトリを走査して画像だけを表示するスクリプト

昨日のスラドの記事(http://slashdot.jp/yro/11/05/02/0138236.shtml)で読んだんです。そこで、タイトルにあるようなスクリプトを書いてみました。 #!/usr/bin/ruby -Ks def directory_search(path) list = Dir.glob("#{path}/*") list.each do |child| if F…

自分なりのベンチマークの仕方

昨日からOpenGL。面白い。ベンチマークの仕方についてちょこっとメモ。 関数が呼び出されてから、その関数が終了するまでにかかる時間を計測したいとします。 単純に考えれば、関数の始まりのタイミングでその時のシステム時間を記録して、関数の終わりのタ…